Un policier new-yorkais est chargé d'escorter à Osaka un criminel japonais. Rapidement, ce dernier s'échappe. Le représentant de l'ordre va alors avoir beaucoup de mal à le retrouver dans un pays dont il ignore les us et coutumes.

Après un contact avec une mystérieuse substance chimique, quatre tortues vivant dans les canalisations new‐yorkaises se transforment en tortues géantes. Formés par un vieux rat sage, Leonardo, Michaelangelo, Donatello et Raphael, par ailleurs amateurs de pizzas, apprennent les techniques des guerriers ninjas afin d’affronter le terrible Shredder dont le but avoué est d’asservir le monde.

Les quatre Tortues ninja parviennent à découvrir l’origine de la substance ayant provoqué leur mutation. Malheureusement, le terrible Shredder la découvre avant eux et l’utilise pour muter et décupler ses forces…

Le détective Kenner est expert en arts martiaux. Paradoxalement, son adjoint japonais, répondant au nom de Johnny, est le parfait yuppie américain. Le duo est confronté à Yoshida, le nouveau maître du trafic de drogue à Los Angeles, et doit intégrer le dangereux quartier de Little Tokyo.

En voulant arrêter en 1996 le psychopathe Simon Phoenix, le sergent John Spartan se rend coupable d'homicide par imprudence et est condamné à l'hibernation, tout comme Phoenix. Ce dernier s'évade en 2032 et se révèle trop fort pour une civilisation où le crime a disparu. Seule chance de l'arrêter : un flic des années 1990... John Spartan.

Deux policiers, dont un vétéran féru de culture japonaise, vont mener l’enquête sur un crime commis dans le milieu nippon de Los Angeles.