Ishikawa Goemon met la main sur un objet secret, ce qui provoque la colère du sanguinaire Toyotomi Hideyoshi. Sa tête mise à prix, le voleur virtuose va rapidement se retrouver au centre d'un écheveau de vengeances et de complots.

À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos...

Atsumi, talentueuse dessinatrice de mangas, se retrouve plongée dans le coma après avoir tenté de mettre fin à ses jours. Son petit-ami Koichi ne comprend pas cet acte insensé, d'autant qu'ils s'aimaient passionnément. Afin de la ramener dans le réel, il rejoint un programme novateur permettant de pénétrer dans l'inconscient de sa compagne. Mais le système l'envoie-t-il vraiment là où il croit ?

Après une courte accalmie, le valeureux Kenshin Himura (Sato Takeru) reprend du service, et fait face à Makoto Shishio (Fujiwara Tatzuya) qui tente de renverser le gouvernement Meiji. Le sort du pays se trouvant alors entre ses mains, Himura Kenshin reprend l’épée qu’il s’était pourtant juré de ne jamais plus utiliser…

Après avoir remercié Kaoru (Takei Emi) qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin (Sato Takeru) se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio (Fujiwara Tatsuya), l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.

Kei Nagai meurt dans un accident de voiture mais son corps est récupéré et son cerveau est relancé. Après l'accident, Kei apprend qu'il est un type d'immortel connu sous le nom de ajin (demi-humain). Ajin est considéré comme dangereux par les humains. Kei est recruté par le gouvernement et envoyé dans un centre de recherche. Là, il est détenu et subit des expériences douloureuses. Sato est aussi un ajin mais lui est un terroriste. Kei ne veut pas participer aux projets de Sato qui consistent à commettre des meurtres de masse contre des humains.

En digne fils de son père, Luca décide d'aller sauver sa mère des griffes d'Erebos le Fou, mais il lui faut d'abord trouver l'élu capable de brandir l'épée Zénithienne. Une adaptation en images de synthèses du cinquième volet de la saga vidéo ludique Dragon Quest.

En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.

Le passé de Kenshin le rattrape et provoque la destruction du restaurant Akabeko, qui était l'endroit préféré de Kenshin pour manger. Il y trouve une note avec le mot "Jinchû"...