Lara Croft a hérité de son père archéologue de nombreux trésors parmi lesquels une mystérieuse horloge magique. Des années plus tôt, celui-ci lui dévoila l'existence d'une organisation secrète, les Illuminati, qui s'était lancée à la recherche d'une horloge dont la clé ouvrait les portes du Temps et de l'Espace. Celle-ci est un triangle sacré qui assura, 5 000 ans auparavant, la victoire des premiers Illuminati sur leurs ennemis. Si le triangle venait à être recomposé, ces lointains ancêtres reviendraient à la vie et le sort de l'Humanité en serait bouleversé à jamais. Le puissance de ce triangle atteindra son summum lorsque trois planètes s'aligneront dans le ciel en une éclipse totale qui survient une fois tous les 5 000 ans. L'aventurière ne dispose que de 48 heures pour résoudre l'énigme du triangle magique et ainsi sauver le monde.
Chili, 1973. Le Général Pinochet s’empare du pouvoir par la force. Les opposants au coup d’Etat descendent dans la rue. Parmi les manifestants, un jeune couple, Daniel et Lena. Daniel est arrêté par la nouvelle police politique. Il est conduit dans un camp secret, caché dans un lieu reculé au sein d’une secte dirigée par un ancien nazi. Une prison dont personne n’est jamais sorti. Pour retrouver son amant, Lena va pourtant rentrer dans la Colonia Dignidad.