Le récit de Sword of the Stranger se déroule dans le Japon de l'ère "Sengoku", en pleine période de guerres civiles. Un rônin sans nom sauve un jeune orphelin, Kotarô, et son chien Tobimaru, lors d'un incendie. Pendant ce temps, une mystérieuse milice venue de Chine recherche Kotarô dans le but de l'utiliser pour accomplir un rituel occulte procurant la vie éternelle. Parmi eux se trouve Luo-Lang, un bretteur émérite assoiffé de combats aux ordres du seigneur de guerre Bai-Luan. Kotarô engage alors le rônin sans nom comme garde du corps en échange d'une pierre précieuse qu'un moine lui a donné, et ils décident de faire route ensemble. A partir de cet instant, leurs destins vont être inexorablement liés. Débute alors une émouvante histoire d'amitié entre deux individus ayant connu de nombreuses tragédies dans leurs vies personnelles : un samouraï sans maître et sans nom qui a juré de ne jamais retoucher à un sabre, et un jeune garçon qui a perdu ses parents.
Alors que la première moitié du XXIème siècle n'est pas encore écoulée, la Terre est déjà exsangue, voir condamnée aux yeux de ses habitants, qui considère la colonisation de Mars comme seule issue viable. Comme si cela ne suffisait pas, en 2047, une entité intelligente extra terrestre, qui a pris la forme d'un gros astéroïde, fait une entrée fracassante et dévaste la planète.L'humanité courbe l'échine mais ne plie pas. 3 ans après le début de l'invasion, les nations parviennent à mettre en place un immense écran protecteur qui empêche désormais les vaisseaux extra-terrestres de pénétrer dans l'atmosphère. Cependant, ce n'est qu'un répit et les hommes jouent leur survit quotidiennement dans les combats contre l'envahisseur.
Alors que Jin Kazama et son père, Kazuya Mishima, se livrent une guerre sans répit par corporations interposées, Anna Williams, la sœur machiavélique de Nina et bras droit de Kazuya, décide de prendre la situation en main. Elle parvient à mettre Ling Xiaoyu de son côté, l’obligeant à pister un mystérieux lycéen qui se révèle être un ancien camarade de Jin : Shin Kamiya. Mais dans ce lycée ultra-moderne de Kyoto, Alisa Boskonovitch, jeune fille extravagante, veille sur Shin. Xiaoyu parviendra-t-elle à découvrir le secret qui lie Jin et Shin ? Et qui est cette mystérieuse Alisa dont le nom de famille intrigue au plus haut point ?
Kurapika est devenu un Hunter pour se venger de la Brigade Fantôme, une organisation à l’origine du massacre de son clan. En effet, les yeux des membres du clan Kurta deviennent écarlates lors de fortes émotions et se vendent extrêmement chers au marché noir. Malgré l’intervention de Gon, Killua et Leorio, Kurapika se fait voler ses yeux. Ainsi commence le combat contre la Brigade Fantôme et la véritable identité du N°4.
Sacha et ses amis font la connaissance d'Éric, le responsable de la résidence pour Pokémon. Nos héros visitent les lieux et sortent leurs Pokémon qui s'amusent avec tout les Pokémon du jardin. Sacha s'éloigne et rencontre deux Genesect dont un est rouge. Sacha et le Genesect chromatique ayant la capacité de parler comme les humains font connaissance et Sacha monte sur le dos de Genesect pour faire un petit tour. Tout en haut d'un immeuble, on voit Mewtwo avec un flashblack de son passé. Pendant ce temps, Genesect apprend qu'il est le fruit d'une expérience créée par la Team Plasma et qu'il existe quatre autres Genesect. Il devient fou et détruit toute la ville.
Après le décès de sa mère, Ren, 9 ans, refuse de vivre avec sa famille éloignée et prend la fuite. À la nuit tombée, alors qu’il arpente seul les rues du quartier de Shibuya, il est interpellé par un étrange personnage encapuchonné… Sous la cape se cache Kumatetsu, une bête au corps imposant et aux dents aiguisées venue d’un univers parallèle au nôtre. Transporté dans ce monde fantastique peuplé de bêtes étranges, le jeune garçon va se retrouver à son insu disciple de cet ours tumultueux ! Il devra désormais apprendre à composer avec son nouveau maître au tempérament… bestial !
En cette belle journée d'été, Nazuna, discrète collégienne, décide de défier ses deux amis Norimichi et Yusuke lors d'une course de natation. Le vainqueur assistera à ses cotés au feu d'artifice de la soirée. C’est Yusuke qui remporte la course mais entre temps, Norimichi découvre le secret de Nazuna. Obligée de déménager en raison du divorce de ses parents, la jeune fille cherche à fuir. Et si Norimichi pouvait changer le destin de cette journée ?
Il y a six ans s’est déroulé un drame durant lequel des centaines de personnes dotées de pouvoirs surnaturels ont trouvé la mort, officiellement par suicide. L’agence de détectives est aujourd’hui chargée de capturer un certain Tatsuhiko Shibusawa que l’on soupçonne d’être impliqué dans cet étrange phénomène. Tous ceux possédant des pouvoirs sont désormais menacés par un ennemi doté d’une puissance jamais vue jusqu’ici. La ville de Yokohama plonge ainsi dans la terreur.
Après un an passé en Amérique, Kurisu est de retour à Akihabara. Elle et Okabe se retrouvent enfin. Malheureusement, peu après leurs retrouvailles, Okabe commence à voir des images des autres lignes d'univers et finit par disparaître. Tiraillée entre son âme de scientifique et ses sentiments, Kurisu doit faire le choix entre ne pas remonter dans le temps comme celui-ci le lui a demandé, ou tenter de le sauver malgré les conséquences que cela pourra entraîner sur le monde.
L'histoire se déroule en 2314, soit deux ans après la défaite des A-Laws et des Innovades menés par Ribbons Almark lors de la saison 2 de Gundam 00. Les Celestial Beings continuent de veiller sur la paix fragile qui s'est installé. Sur Terre, Saji Crossroad continue de veiller au chevet de Louise Halevy qui est toujours hospitalisée suite au traumatisme vécu lors de la dernière guerre, alors que dans l'espace, la princesse Marina Ismail et Shirin Bakthiar du Royaume d'Azadiztan supervisent la construction d'une nouvelle colonie spatiale. Un vaisseau d’exploration abandonné il y a 130 ans à côté de Jupiter a quitté son orbite et retourne vers la Terre. Le vaisseau est détruit mais des débris retombent sur Terre et d'étranges phénomènes commencent alors à se produire. Afin de mettre un terme à la guerre qui se prépare, Setsuna F. Seiei devra découvrir le véritable but de son évolution en tant qu’Innovator et ce à quoi Aeolia Schenberg comptait préparer l’humanité.