Banlieue 13, deux ans plus tard. Le gouvernement a changé, pas le reste... Le mur d'isolement - toujours plus haut, toujours plus grand, toujours plus loin - s'est étendu autour des cités ghettos et les gangs qui y prolifèrent ont encore accru leur influence. Le trafic se répartit désormais entre cinq quartiers ethniques, chacun dirigé par un redoutable chef de gang. Plus que jamais déterminés à "régler le problème", les services secrets mettent volontairement le feu aux poudres. Damien, flic expert en arts martiaux, et Leïto, capable de se faufiler dans les moindres recoins de la banlieue, font à nouveau équipe. Leur objectif : sauver la cité du chaos. Leur programme : combats musclés et course-poursuites défiant les lois de la gravité...

Tout va pour le mieux pour Samuel et Nadia: lui est bientôt infirmier et elle, attend son premier enfant. Mais tout bascule lorsque Nadia se fait kidnapper sous l'oeil impuissant de Samuel. A son réveil, son portable retentit: il a trois heures pour sortir de l'hôpital dans lequel il travaille un homme sous surveillance policière. Le destin de Samuel est désormais lié à celui de Sartet, une figure du banditisme activement recherchée par tous les services de police. S'il veut revoir sa femme vivante, Samuel doit faire vite...

Sur la route des vacances, la femme de Stéphane Monnereau, capitaine de police à la P.J. parisienne, disparaît. Les indices semblent indiquer qu’il n’est peut-être pas étranger à cette disparition. Pour éviter d’être placé en garde-à-vue, Stéphane prend la fuite avec son fils. Désormais il devra assumer seul sa double mission : se disculper aux yeux des enquêteurs et savoir ce qui est vraiment arrivé à sa femme.