En 15 ans de carrière chez les Men In Black, l’agent J a vu beaucoup de phénomènes inexplicables… Mais rien, pas même le plus étrange des aliens, ne le laisse aussi perplexe que son partenaire, le sarcastique K. Lorsque la vie de K et le destin de la Terre sont menacés, l’agent J décide de remonter le temps pour remettre les choses en ordre. Il va alors découvrir qu’il existe certains secrets de l’univers que K ne lui a jamais révélés. Il est cette fois obligé de faire équipe avec l’agent K, plus jeune, pour sauver la vie de son partenaire, l’agence, et l’avenir même de l’humanité…
L’histoire vraie de Ron Stallworth qui fut le premier officier de police afro-américain de Colorado Springs à s’être infiltré dans l’organisation du Ku Klux Klan. Étonnamment, l’inspecteur Stallworth et son partenaire Flip Zimmerman ont infiltré le KKK à son plus haut niveau afin d’empêcher le groupe de prendre le contrôle de la ville.